Là người con gái út trong bốn người con của bà Trần Lệ Xuân và Ngô Đình Nhu – em trai và cố vấn cho Tổng thống Việt Nam Ngô Đình Diệm. Vào năm 1963, chế độ Ngô Đình Diệm bị sụp đổ – trong đó cả hai người gồm cha của bà là Ngô Đình Nhu và bác Ngô Đình Diệm đã bị ám sát, Lệ Quyên bị buộc phải rời khỏi quê hương cùng gia đình của mình và cuối cùng xin tị nạn Rome.[1]

Sau khi đoàn tụ gia đình sống ở Paris trong hai năm và sau đó vào năm 1965, gia đình Lệ Quyên chuyển đến Rome, nơi bà nhận được một nền giáo dục toàn diện từ tiểu qua trường trung học Công giáo tổ chức tư nhân của Sisters Nevers.

Lệ Quyên tốt nghiệp ngành Luật tại Đại học Sapienza của Roma. Trong luận án của mình, bà đào sâu vào "Các vấn đề của Việt Nam tại Hội nghị Geneva năm 1954". Bà cũng tham gia khóa học hai năm về Thần học Marian tại Đại học Marianum ở Roma.

Lệ Quyên được biết đến tại Roma vì luôn từ chối trong việc nhập quốc tịch Ý.[1]

Năm 1969, bà là một trong số những người lưu vong nước ngoài đầu tiên nhận tình trạng tị nạn chính trị tại Ý. Dù vậy, bà vẫn là một người tị nạn chính trị trong 39 năm cho đến tháng 4 năm 2008, khi Tổng thống Cộng hòa Giorgio Napolitano trao quyền công dân Ý cho bà vì "những đóng góp nổi bật cho nhà nước". Đây là một vinh dự mà ít người ngoại quốc nào có được ở Italia.